Marian Munteanu a fost perceput mereu ca un luptător anticomunist, dar unele voci l-au acuzat de lucruri mai puțin ortodoxe. Acesta a fost acuzat că deși imediat după 1990 se prezenta fără menajamente un luptător anticomunist încă din 1985, în 1989 acesta era lider al Asociației Studenților Comuniști (ASC) pe an în cadrul Facultății de Litere a Universității din București, unde acesta era student la secția de română- portugheză. “La prima şedinţă A.S.C. Marian a fost propus ca secretar de an şi ales cu o mare majoritate. A fost reales pînă în anul III. Era foarte potrivit pentru această funcţie. După Revoluţie mi s-a părut ciudat că a fost din nou reales – de astă dată ca lider al studenţilor în Ligă. Consideram că oamenii care au avut înainte funcţii politice nu ar trebui să conducă şi acum. Marian a fost membru P.C.R. şi de aceea mulţi sau împotrivit la realegerea lui. Marian a răspuns însă că funcţia pe care a avut-o îi permitea să lupte dinăuntru împotriva sistemului. În rîndul celor care s-au opus alegerii lui Marian ca lider al Ligii m-am numărat şi eu.“, mărturisește fosta colegă, Pupeza Codrina.
Potrivit propriilor declarații, activitatea sa anticomunistă s-a desfășurat între anii 1985 -1989, prin promovarea de repere și personalități românești marginalizate, o mare parte fiind membri ai Mișcării Legionare, prin organizare de colocvii sau conferințe dedicate personalităților interzise în timpul regimului comunist, cum ar fi Mircea Eliade, Emil Cioran, Petre Țutea, Ernest Bernea, Nae Ionescu, Dumitru Stăniloaie, toate personalități, scriitori și mari gânditori care au cochetat cu Mișcare Legionară.
În anii 1988-1989 acesta a fost arestat si interogat în mai multe rânduri, fiind învinuit de „propagandã crestinã, ostilã ideologiei marxist-leniniste“, principala acuzatie fiind aceea de discipol al gânditorului Petre Tutea. In pofida presiunilor si amenintarilor, refuza sa colaboreze cu securitatea si nu semneazã nici un angajament de acest tip. Cu toate acestea, în anii 1988 și 1989, Marian Munteanu nu este doar membru al PCR, ci și lider al ASC.
Munteanu devenise în 1992 fondator al PMR, după ce devenise și fondator și lider al Ligii Studenților chiar în 23 decembrie 1989. În decembrie 1990 participă la fondarea Alianței Civice, fiind ales primul președinte al alianței, dar renunță la calitate de membru pentru a-și forma propriul partid. Partidul a fost înființat pe scheletul organizației de tineret Mișcare pentru România, care s-a desființat în 2005.
Nu a durat mult până Munteanu a fost acuzat de colaborare cu Securitatea. Dan Zamfirescu spunea într-un interviu dat în 1993, că i-a propus lui Munteanu să își dezvăluie unul altuia gradul pe care îl au în Securitate. Și că, mai mult, Munteanu era preocupat în decembrie 1989 că dosarul său va fi dat publicității.
Mai mult, în 2000, Marian Munteanu a vrut să candideze la președinția României din partea alianței de partide PUNR-PNR. Primul era condus de Valeriu Tabără, iar al doilea e fostul șef al SRI, Virgil Măgureanu.
Desi congresul aliantei acceptã initial proiectul de program elaborat de Marian Munteanu, conducerea executiva ii exclude pe toti candidatii tineri de pe listele electorale pentru alegerile parlamentare. În aceste conditii, Munteanu refuzã înscrierea în partid, îsi retrage candidatura si nu participã la alegeri. “Am elaborat, în septembrie 2000, un posibil proiect de țară („Misiunea noastră: salvarea statului român”) pe baza căruia am avut discuții și negocieri cu liderii politici ai Alianței Naționale, domnii Valeriu Tabără, Virgil Măgureanu și Mircea Druc. Am apreciat că doar printr-o capacitare responsabilă a unor zone de forță mai puteau fi oprite, atunci, degringolada și corupția ce năpădiseră țara. Ar fi fost, în opinia mea, singura posibilitate de a opri revenirea completă la putere a grupării domnului Iliescu (nu cred că mai e cazul să comentez consecințele acelui regim, devastator și nociv pentru societatea românească). Negocierile au rămas fără rezultat și, în consecință, nu m-am înscris în alianța respectivă și nu am candidat (liderii respectivi optând, ulterior, pentru o altă direcție politică, cea reprezentată la vârf de domnul Traian Băsescu). În perioada 2000-2015 nu am susținut nici o inițiativă politică, dar am participat la numeroase activități civice și culturale, în țară și străinătate.”, a povestit Marian Munteanu acel episod pe propriul blog.
